工业部表示，国内瓶装饮用水产业目前面临多项挑战，包括包装原材料依赖进口、物流成本高企以及环境议题对公众认知的影响。
工业部代理农业工业总司司长普图（Putu Juli Ardika）表示，当前最为突出的挑战来自包装原材料领域。由于国内供应尚未完全满足需求，瓶装饮用水包装原料仍在很大程度上依赖进口。
普图在与国会第七委员会举行的瓶装饮用水产业专项听证会上表示，瓶装饮用水的包装原材料尚无法完全由国内供应，其中相当一部分仍需依赖进口。
他指出，相关进口包装材料还需缴纳反倾销税，尤其是部分塑料薄膜类产品，进一步推高了企业生产成本。与此同时，回收PET材料制成的包装价格仍高于常用的原生塑料，使包装原料在整体生产成本中占据较大比重。“因此，包装原材料在瓶装饮用水生产成本中占据相当高的比例。”
在分销与物流方面，产业同样承压。普图指出，由于运输方式受限，瓶装饮用水的单位物流成本仍然偏高。
同时，超限超载运输政策的实施尚未完全支持行业分销需求，不少企业仍依赖超尺寸、超载卡车进行运输。普图表示，为符合相关运输政策所作的努力尚未完全到位，原因在于许多企业仍使用超尺寸、超载的运输车辆。
此外，在宗教节庆等特定时期实施的交通和运输限制，也对瓶装饮用水产品的顺畅分销造成影响。
从环境层面来看，瓶装饮用水产业还面临公众对过度开采地下水的质疑。同时，国内塑料回收产业能力仍然有限，目前仅能满足国内塑料需求的约19%。
他再补充，回收包装材料的收集和管理体系尚未实现最优运行：“相关体系仍不完善，这些都是当前瓶装饮用水产业所面临的主要挑战。”