伊朗最高领袖哈梅内伊13日表示，等待以色列的必将是“严厉的惩罚”。伊朗伊斯兰革命卫队当天警告说，将对袭击行为予以“坚决回击”。
哈梅内伊说，几名指挥官和科学家在袭击中身亡，以色列更多打击住宅区的行为暴露了其邪恶本质，等待以色列的必将是“严厉的惩罚”。
伊朗外交部发表声明，称“以色列对伊朗的侵略行动不可能没有美国的协调和许可”，并表示以色列和美国将对袭击造成的影响和后果负责。
声明说，以色列对伊朗的袭击违反了《联合国宪章》，是对伊朗的侵略。伊朗武装部队将“竭尽全力保卫民族”。声明说，以色列对伊朗的侵略所造成的危险影响和后果，将由以色列及其支持者承担。作为以色列的主要支持者，美国政府也要对此负责。
以军总参谋长扎米尔13日清晨发表声明说，以军对伊朗发起军事打击是因为“时机已到”。扎米尔称，任何试图挑战以色列的人，都将付出沉重代价。