台陆委会主委邱垂正7月4日表态“两岸关系就是两岸关系”，被指与陆委会副主委梁文杰曾说“两岸关系就是‘两国’关系”划清界限。台湾地区前领导人马英九5日在脸书表示，台陆委会主委出面灭火，是赖清德“执政”至今，第一次有大陆事务相关部门的首长，明确把两岸关系从“两国”拉回“两岸”，算是一个好的开始，奉劝民进党不要一再玩火。
马英九表示，只是邱垂正出来讲明显不够，解铃还须系铃人。赖清德应该公开且明确宣布，两岸关系绝对不是“两国”关系，并要求各部门同调，不要再让两岸关系出状况。
国民党民代林沛祥说，经过澎湖渔船事件，台陆委会也知道强硬态度无助两岸关系，邱垂正说两岸关系就是两岸关系，打梁文杰一个大耳光。与其说唱双簧，倒不如说邱垂正身为主官，比较务实面对两岸困境跟交流。
国民党民代罗智强指出，两岸关系就是两岸关系，马英九任内在讨论两岸航线时，有人问是国际还是国内航线？马英九说这就叫做两岸航线。